AMLO ha mantenido una actitud crítica al Poder Judicial, al que ha acusado de corrupto, trabajar para la delincuencia organizada y de cuello blanco.
El Gobierno federal exhibió a jueces cuyos fallos, considera, han favorecido a Juan Collado, Emilio Lozoya, Uriel Carmona y hasta Vicente Carrillo Fuentes.
El Subsecretario de Seguridad Pública, Luis Rodríguez Bucio, incluyó el caso del juez Julio Veredín Sena Velázquez, juez séptimo de distrito de amparo en materia penal de la Ciudad de México, quien el 7 de septiembre otorgó una suspensión provisional para evitar la extradición a Estados Unidos a favor de Vicente Carrillo Fuentes, alias "El Viceroy", ex líder del Cártel de Juárez y requerido por una corte federal del distrito Oeste en Texas, acusado de 46 cargos, entre ellos, lavado de dinero, actividad criminal, entre otros ilícitos.
Otro caso fue el del juez Aníbal Castro Borbón, juez de distrito especializado en el sistema penal acusatorio del centro de justicia penal federal en Sonora, quien dictó sentencia absolutoria a favor de Isidro "N", un generador de violencia en el Estado, quien se introdujo ilegalmente en una propiedad privada, desde la cual agredió con armas de fuego a elementos del Ejército.
Por otro lado, el Subsecretario acusó a Anastasio Romo Vargas, juez segundo de distrito de Tlaxcala, así como a los magistrados del tribunal de apelación del 28 circuito, por otorgar a cuatro implicados en el secuestro de un adulto y un menor de edad el beneficio de llevar su proceso en libertad.
Rodríguez Bucio apuntó contra Gustavo Aquiles Villaseñor, juez de distrito especializado en el sistema penal acusatorio en el centro de justicia penal federal del Reclusorio Norte, por cesar la medida cautelar de prisión preventiva justificada a Juan Collado en su proceso por defraudación fiscal.
También incluyó a Gerardo Jenaro Alarcón López, juez de distrito especializado en el sistema penal acusatorio del centro de justicia penal federal del Reclusorio Norte, por ordenar la suspensión del procedimiento que se lleva acabo en contra de Emilio Lozoya por el delito de operaciones con recursos de procedencia ilícita, al incluirlo en el acuerdo de reparación del daño causado a Pemex por parte de Alonso Ancira.
"Además de que este último (Ancira) no ha cumplido con la totalidad del pago reparatorio a la paraestatal. De esta manera, Emilio 'N' obtiene una ventaja indebida en su proceso. Además, el juez Alarcón López sustentó la suspensión del procedimiento indebidamente a favor de Emilio 'N' en una tesis aislada sobre delitos que son diferentes a los de este caso y en la cual no genera derechos, Al corresponder a un circuito judicial de Querétaro, que no es aplicable obligatoriamente a la Ciudad de México", acusó.
